Академия Хоннодзи — это не школа. Это государство в государстве. Здесь иерархия решает всё: чем выше статус ученика, тем больше «жизненных нитей» в его униформе Гоку. Однозвёздочные подчиняются двухзвёздочным, те — трёхзвёздочной Элитной четвёрке, а над всеми возвышается глава студсовета Сацуки Кирюин. Её униформа состоит из нитей на сто процентов и называется Камуй — одежда богов . Нарушителей порядка публично порют, избивают, выгоняют — и вместе с ними из домов на территории школы выселяют их семьи .
В этот ад приходит Рюко Матой. Девушка с огромной половинкой ножниц в руках ищет убийцу отца. Вторая половинка — у того, кто на её глазах лишил его жизни. Сацуки явно что-то знает, но разговаривать не собирается. Первая же стычка заканчивается для Рюко плачевно — без нормальной экипировки против униформы Гоку не выстоять .
Судьба делает подарок: в подвале сгоревшего дома Рюко находит странную школьную матроску. Та дышит. Шевелится. И говорит голосом прямо в голове: «Надень меня. Я дам тебе силу» . Рюко перебарывает отвращение, и форма, которую она называет Сэнкецу («Свежая кровь»), впивается в неё, питаясь кровью. Только так можно тягаться с униформами Сацуки .
С этого момента начинается череда безумных боёв. Элитная четвёрка — Санагэяма с обострённым до ясновидения восприятием, Инумута-хакер, Гамагори-мазохист, усиливающийся от боли, и Дзякудзуре с клубными президентами за спиной — один за другим выходят против Рюко . Рядом появляется Мако Манкансёку — нищебродка с гипертрофированной жизнерадостностью, которая становится для главной героини настоящим другом и семьёй .
Но чем выше Рюко поднимается, тем больше понимает: всё не так просто. Сацуки не злодейка. У неё свой план. Их мать, Рагё Кирюин, глава корпорации «Ревокс», плетёт сеть пострашнее. Униформы сделаны из «жизненных нитей» — инопланетной субстанции, паразитирующей на людях. И однажды она накроет всю планету, превратив человечество в марионеток .
Самое страшное открытие ждёт Рюко впереди. Она не просто дочь учёного, создавшего Сэнкецу. Она — сестра Сацуки, эксперимент матери по скрещиванию человека с жизненными нитями, считавшийся мёртвым при рождении . Именно поэтому Сэнкецу может с ней говорить. Именно поэтому она единственная, кто способен остановить мать.
Тем временем в игру вступает Нуи Харимэ — жуткая кукла с весёлым голоском, правая рука Рагё. Та самая, что убила отца и носит вторую половинку ножниц. Её улыбка не сходит с лица даже когда ей отрубают руки .
В финале сходятся все: Рюко и Сацуки против матери, армии жизненных нитей и космического спутника, готового посеять хаос по всей Земле. Сэнкецу жертвует собой, понимая угрозу, которую несёт, и сгорает в атмосфере . Ножницы смыкаются в единый клинок. Академия Хоннодзи уходит под воду.
